С появлением в 1731 году на побережье Восточного, ныне Тихого, океана России первого военно-морского формирования – Охотской военной флотилии с местом постоянного базирования в порту Охотском функции отправления правосудия осуществлял командир (впоследствии главный командир) портов Восточного океана через Комиссию военного суда в портах Восточного океана, состоявшую из назначаемых им строевых флотских офицеров и штатного аудитора. Судебная реформа 1864 года и Военно-морской судебный устав 1867 года были введены на Дальнем Востоке только в 1887-м.
К этому времени бывшая Охотская, а затем Сибирская военная флотилия, которая в 1850 году из порта Охртск была передислоцирована в порт Петропавловск-Камчатский, а с 1856 года -в порт Николаевск-на-Амуре, располагалась в порту Владивосток. Временный военно-морской суд Владивостокского порта был образован 10 августа . 1887 года в соответствии с утвержденным генерал-адмиралом Алексеем Романовым "Положением о порядке применения и введения в действие Военно-Морского Судебного Устава по ведомству Владивостокского порта". "Положение" и штат суда (один военно-морской судья и один помощник военно-морского прокурора)вводились в действие приказом по Морскому ведомству России от 12 августа 1887 года N109, согласно которому суд начал свою работу с 1 января 1888 года. дательствующего генерал-майора М.Азарьева, прокурора подполковника В.Бисерова, одного следователя, секретаря, трех писарей. Находился суд специально построенном для него помещении на четвертом этаже Морского штаба на Светланской улице. На этой же улице располагается и ныне действующий Тихоокеанский флотский военный суд. 26 января 1921 года приказом командующего Сухопутными войсками и Морскими силами Приморской области Временный военно-морской суд Владивостокского порта и Приамурский военно-окружной суд, также располагавшийся с 1889 года в городе Владивостоке, были объединены в один соединенный Приамурский военный и военно-морской суд под председательством генерал-майора Камкова, а с 10 февраля 1922 года председателем соединенного суда стал бывший с 1917 года председателем Временного военно-морского суда порта Владивостока полковник Бисе-ров. С установлением 25 октября 1922 года Советской власти в Приморье этот суд прекратил свою деятельность.
На основании Директивы Штаба РККА N4/31043 от 16 мая 1933 года, Директивы Управления Военно-Морских Сил РККА N353414с от 15 июня 1933 года и приказа Революционного Военного Совета Морских Сил Дальнего Востока №0378 от 9 июля 1933 года с 1 июня 1933 года в городе Владивостоке был сформирован Военно-морской части гарнизонов острова Русский, города Владивостока и их районов. Формированием военного трибунала занимался первоначально бригвоенюрист Илья Федорович Рабковский, а после прибытия в июле 1933 года из Москвы военный трибунал МСДВ возглавил бригвоенюрист Казимир Стасюлис. С января 1935 года военный трибунал Морских Сил Дальнего Востока был переформирован в военный трибунал Тихоокеанского флота. В дальнейшем военный трибунал Тихоокеанского флота неоднократно менял свои названия, что было связано с реорганизацией, проводимой как в Вооруженных Силах СССР, так и ВМФ СССР в послевоенные годы. С мая 1954 года военный трибунал вновь обрел название военного трибунала Тихоокеанского флота, которое носил до переименования в военный суд Тихоокеанского флота в 1992 году. С 1999 года Тихоокеански и флотский военный суд.
В связи с многочисленными организационными преобразованиями на Тихоокеанском флоте многократно менялась структура судов гарнизонного звена.
В настоящее время в структуру военных судов Тихоокеанского флота входят Владивостокский, Фокинский, Советско-Гаванский, Анадырский и 35-й (г. Петропавловск-Камчатский) гарнизонные военные суды.
С февраля 1999 года по настоящее время председателем Тихоокеанского флотского военного суда является заслуженный юрист Российской Федерации генерал-майор юстиции Сергей Волков.
